Una volta ricevuta la domanda, il procedimento viene automaticamente sospeso per la verifica o la valutazione ambientale strategica (VAS) del progetto, mentre l'eventuale procedura di verifica o di valutazione di impatto ambientale (VIA) deve essere svolta prima della convocazione della conferenza.

Quando la conferenza di servizi approva il progetto, il verbale viene trasmesso al sindaco o al presidente del Consiglio comunale che lo sottopone alla votazione del Consiglio nella prima seduta utile.

Prima dell'approvazione in Consiglio comunale, il richiedente deve sottoscrivere un atto d'obbligo unilaterale con il quale si impegna a realizzare l'intervento secondo i contenuti e gli obiettivi prefissati, nonché a iniziare i relativi lavori entro nove mesi dal perfezionamento della variante, decorsi i quali il sindaco dichiara l'intervenuta decadenza del progetto ad ogni effetto, compreso quello di variante urbanistica.

Gli interventi relativi al progetto approvato, sono iniziati e conclusi con le medesime modalità previste dal Decreto del Presidente della Repubblica 06/06/2001, n. 380, art. 15 per il permesso di costruire.